Memasuki babak kedua, Borneo FC kembali tampil agresif. Mereka langsung mengambil inisiatif untuk mencari gol keunggulan.
Koldo Obieta kembali menjadi pembeda pada menit ke-59. Dia mencetak gol keduanya setelah memanfaatkan umpan dari Juan Villa.
Keunggulan tersebut membuat Borneo FC semakin percaya diri. Mereka terus mengontrol permainan dan menekan pertahanan Madura United.
Madura United berusaha bangkit dan mencari gol penyeimbang. Namun, upaya mereka belum membuahkan hasil hingga menit ke-80.