Memasuki babak kedua, Persebaya mencoba memegang kendali permainan sejak awal pertandingan. Akan tetapi, Persis melakukan perlawanan dengan melepaskan tembakan spekulatif dan serangan cepat.
Pada menit ke-53, Persebaya harus kehilangan Gilson Costa karena melakukan pelanggaran keras. Dia mendapatkan kartu merah langsung dan harus menyudahi laga lebih cepat.
Persis kemudian mendapatkan kesempatan untuk melakukan tendangan bebas. Jhon Cley yang menjadi algojo melepaskan tembakan keras jarak jauh, yang tiba-tiba mengenai kaki bek Persebaya dan jatuh kepada Moussa Sidibe.
Moussa Sidibe (58’) kemudian melepaskan tembakan terukur dari jarak dekat, Persis unggul 1-0. Selepas gol tersebut, Bajul Ijo langsung meningkatkan intensitas serangan meski tak diunggulkan dalam jumlah pemain.
Pada menit ke-72, Persebaya mendapatkan penalti setelah Malik Risaldi dilanggar kiper Muhammad Riyandi di kotak terlarang. Francisco Rivera (74’ (P)) yang keluar sebagai eksekutor menuntaskan tugasnya dengan baik.