Memasuki babak kedua, Atletico Madrid tampil lebih agresif. Namun saat Barcelona kembali menguasai permainan, Juan Musso melakukan dua penyelamatan gemilang yang mencegah skor berubah menjadi 3-0 lebih cepat.
Diego Simeone kemudian memasukkan Alexander Sorloth untuk memberi tekanan tambahan pada lini belakang tuan rumah. Waktu berjalan lambat bagi Atletico Madrid yang terus berada dalam tekanan dengan 30 menit tersisa.
Alejandro Balde yang menggantikan Kounde harus ditarik keluar pada menit ke-70. Tidak lama setelah itu, Barcelona mendapatkan tendangan sudut ke-10 sebagai bukti dominasi mereka.
Dari situasi bola mati tersebut, Bernal mencetak gol keduanya lewat tendangan voli pada menit ke-72 memanfaatkan umpan Joao Cancelo. Barcelona menambah lima pemain di lini depan pada sisa laga, namun skor 3-0 tidak cukup membalikkan agregat.
Hasil ini membuat Barcelona gagal mempertahankan trofi Copa del Rey yang mereka raih musim lalu. Atletico Madrid melangkah ke final untuk pertama kalinya sejak musim 2012-2013 dan akan menghadapi Real Sociedad atau Athletic Bilbao.