Dalam kariernya, Fachruddin tercatat menjadi salah satu defender terbaik di Liga Indonesia. Dia pernah masuk dalam Best XI Liga 1 2018.
Bukan hanya di level klub, Fachruddin juga memiliki karier cemerlang di level internasional. Dia sempat lama menjadi andalan Timnas Indonesia. Dia mendapatkan undangan pertama membela negara saat Timnas Indonesia ditangani Nilmaizar pada 2012.
Fachruddin melakoni debut internasionalnya melawan Laos pada Piala AFF 2012. Namun, dia baru mencetak gol perdananya untuk Tim Garuda saat melawan Filipina pada Piala AFF 2016.
Hingga Timnas Indonesia dilatih Shin Tae-yong, Fachruddin tetap dipanggil masuk skuad. Bahkan, pelatih asal Korea Selatan itu mempercayakan ban kapten kepadanya.
Namun, masuknya banyak pemain diaspora di Timnas Indonesia membuat Fachruddin akhirnya harus tersingkir. Terakhir, dia masuk Timnas Indonesia pada putaran pertama Kualifikasi Piala Dunia 2026 kontra Brunei Darussalam, Oktober 2023.