Elkan Baggott pernah menolak panggilan Timnas Indonesia pada Mei 2021. Hal itu diumumkan Ketua Umum PSSI saat itu, Mochamad Iriawan pada 22 Oktober 2021.
Namun, setelah itu dia mengirim mengirim surat kepada PSSI yang menjelaskan ketidakhadirannya karena pandemic Covid-19 yang melanda Inggris Raya dan Indonesia. Dia menyatakan siap memenuhi panggilan Tim Garuda berikutnya.
Pada 16 November 2021, dia melakoni debutnya untuk Timnas senior dalam pertandingan persahabatan melawan Afghanistan.
Sejak terakhir bermain di Piala Asia 2023, Elkan Baggott belum pernah lagi masuk skuad Timnas Indonesia. Pelatih Timnas Indonesia Shin Tae-yong mengabaikannya karena marah dicueki sang pemain saat memanggilnya untuk masuk Timnas Indonesia U-23 jelang melawan Guinea U-23 pada playoff Olimpiade Paris 2024.
Kini, setiap ditanya soal Elkan Baggott, Shin Tae-yong menunjukkan jawaban ketus, dan menyatakan belum berniat kembali memanggil sang pemain.