Piala AFF U-16 pertama kali digulirkan pada tahun 2002. Garuda Asia berpartisipasi dalam ajang tersebut.
Menariknya, Indonesia sukses lolos ke semifinal. Sayangnya, mereka gagal melaju ke final usai dikalahkan Myanmar dengan skor telak 0-6.
Selain itu, Indonesia juga pernah dibantai oleh Laos pada semifinal Piala AFF U-16 2007. Ketika itu, Garuda Asia harus menyerah dengan skor telak 0-3 dari Laos.
Indonesia tercatat hanya dua kali mampu melaju ke final Piala AFF U-16. Momen tersebut terjadi di edisi 2013 dan 2018. Pencapaian terbaik Skuad Garuda Muda di turnamen ini terjadi di Piala AFF U-16 2018.
Saat itu, Indonesia mampu mengalahkan Malaysia di babak semifinal dengan skor 1-0. Gol semata wayang di laga tersebut dicetak oleh Bagus Kahfi di menit ke-72. Tren positif Skuad Garuda Asia berlanjut ketika mereka mampu mengalahkan Thailand di babak final lewat adu penalti.