Miguel kemudian menjalani empat musim di Kejuaraan Dunia Moto3 dari 2012–2015.
Kepercayaan diri dan pengalamannya yang meningkat akhirnya berakhir dengan menempati posisi kedua di klasemen akhir musim 2015 di belakang Danny Kent. Capaian tersebut akhirnya membuatnya mendapatkan tempat di Moto2.
Pada tahun 2016, dia naik ke kategori Moto2 dan bergabung dengan tim Leopard Racing, bersama dengan juara dunia Moto3 dalam gelar Danny Kent. Musim ini ditandai oleh beberapa kesulitan, yaitu patah tulang selangka, yang membuatnya kehilangan 4 Grand Prix.
Pada tahun 2017, dia diundang kembali untuk bergabung bersama tim Red Bull KTM Ajo. Dia berhasil menyelesaikan Kejuaraan Dunia di posisi ke-3.
Di awal 2018, dia terpilih sebagai Sportsman of the Year, dalam kategori Atlet Pria, oleh Konfederasi Olahraga Portugal, serta dinobatkan sebagai Duta Besar Global untuk Integritas dan Transparansi Olahraga oleh Sport Integrity Global Alliance (SIGA).