Lulus dari Honda Racing School pada 2016, Mario Aji memulai karier juniornya di sejumlah kejuaraan tingkat nasional maupun internasional. Kemudian bergabung dengan tim Indonesia di Asia Talent Cup, dan mulai berkompetisi dengan para pembalap berbakat di Asia.
Mario Aji beberapa kali naik podium pada Asia Talent Cup 2018, serta memenangi sejumlah balapan. Performa apik tersebut membuatnya dilirik oleh tim akademi Red Bull, untuk turun di ajang Red Bull Rookie Cup 2019-2021 dan FIM CEV Moto3 2019-2021.
Setelah itu, Mario Aji turun di Moto3 pada 2022 bersama Honda Team Asia Idemitsu dan berhasil menyelesaikan 20 balapan dalam satu musim. Sayang, dia hanya berhasil mengumpulkan lima poin dan mengakhiri musim pada peringkat ke-26 dalam klasemen akhir.
Pada 2024, Mario Aji berkesempatan berkompetisi di Moto2 dengan memperkuat Honda Team Asia. Tahun ini, dia menunjukkan performa yang lebih baik dan berhasil mengoleksi delapan poin dalam tiga balapan awal musim ini.