Di gim kedua, Jonatan kembali tancap gas. Pemain ranking tiga dunia ini bahkan unggul sangat jauh dengan skor 8-1 atas Su Li Yang.
Hasilnya, Jonatan kembali memimpin di interval gim kedua dengan skor telak 11-3. Usai jeda, pemain andalan Pelatnas PBSI Cipayung itu semakin menjadi-jadi.
Jonatan sangat nyaman menambah poin demi poin dengan skor telak 17-6. Sementara, Su Li Yang terlihat kesulitan untuk keluar dari tekanan tersebut.
Pada akhirnya, Jonatan sukses membungkus gim kedua dengan skor kemenangan telak 21-11. Kemenangan ini praktis membawanya melaju ke babak perempat final india Open 2025.