Tak berbeda dengan sesi latihan bebas 1 dan 2, latihan bebas 3 hari ini juga berlangsung dalam kondisi trek yang basah. Para pembalap pun terlihat lebih berhati-hati untuk bisa berkendara dengan cepat dan aman.
Akan tetapi, tetap ada pembalap yang mengalami kecelakaan. Mereka adalah pembalap Aprilia, Lorenzo Savadori dan pembalap Suzuki Ecstar, Alex Rins, yang terjatuh di tikungan 13 di awal sesi. Selain dua nama tersebut ada juga sejumlah pembalap yang mengalami insiden karena trek yang basah.
Berikut hasil latihan bebas 3 MotoGP Emilia Romagna 2021:
1 Johann Zarco FRA Pramac Ducati (GP21)
2 Jorge Martin SPA Pramac Ducati (GP21)
3 Jack Miller Tim Ducati AUS (GP21)
4 Miguel Oliveira POR Red Bull KTM (RC16)
5 Marc Marquez SPA Repsol Honda (RC213V)
6 Pol Espargaro SPA Repsol Honda (RC213V)
7 Franco Morbidelli ITA Monster Yamaha (YZR-M1)
8 Aleix Espargaro ITA Aprilia Gresini (RS-GP)
9 Danilo Petrucci ITA KTM Tech3 (RC16)
10 Luca Marini ITA VR46 Avintia Ducati (GP19)
11 Francesco Bagnaia ITA Tim Ducati (GP21)
12 Joan Mir SPA Suzuki Ecstar (GSX-RR)
13 Michele Pirro ITA Tim Ducati (GP21)
14 Iker Lecuona SPA KTM Tech3 (RC16)
15 Fabio Quartararo FRA Monster Yamaha (YZR-M1)
16 Brad Binder RSA Red Bull KTM (RC16)
17 Maverick Vinales SPA Aprilia Gresini (RS-GP)
18 Enea Bastianini ITA Avintia Ducati (GP19)
19 Alex Marquez SPA LCR Honda (RC213V)
20 Takaaki Nakagami JPN LCR Honda (RC213V)
21 Alex Rins SPA Suzuki Ecstar (GSX-RR)
22 Andrea Dovizioso ITA Petronas Yamaha (YZR-M1)
23 Valentino Rossi ITA Petronas Yamaha (YZR-M1)
24 Lorenzo Savadori ITA Aprilia Gresini (RS-GP)