Marc Marquez kemudian membalas tekanan Quartararo dengan lap impresif 1 menit 29,288 detik. Catatan tersebut membuat pembalap Ducati Lenovo kembali memimpin jalannya kualifikasi.
Pada akhir Q1, Marquez berhasil mempertahankan posisi pertama. Quartararo berada di posisi kedua, sedangkan Raul Fernandez dari Trackhouse Aprilia menempati urutan ketiga.
Memasuki sesi Q2, Fabio Di Giannantonio dari Pertamina Enduro VR46 Racing Team sempat memimpin jalannya sesi. Marco Bezzecchi dari Aprilia Racing terus memberi tekanan dan membuat persaingan semakin ketat.
Marc Marquez kembali tampil cepat dengan torehan waktu 1 menit 29,646 detik. Catatan itu sempat membuatnya berada di posisi pole sementara menjelang akhir sesi.
Drama terjadi pada menit-menit terakhir kualifikasi. Francesco Bagnaia berhasil mencuri posisi teratas setelah mencetak waktu 1 menit 29,634 detik.
Bagnaia akhirnya memastikan pole position MotoGP Prancis 2026 dengan keunggulan tipis atas Marc Marquez. Hasil tersebut membuat pembalap asal Italia itu akan memulai balapan dari posisi paling depan di Le Mans.
Setelah sesi kualifikasi berakhir, para pembalap dijadwalkan kembali bersaing dalam sprint race MotoGP Prancis 2026 pada pukul 20.00 WIB. Sprint race menjadi kesempatan penting untuk mengamankan tambahan poin sebelum balapan utama digelar.