“Terima kasih kepada donatur semoga menjadi amal jariyah dan masjid ini bermanfaat,” kata Ketua Umum Pimpinan PP Aisyiyah Siti Noordjannah yang didapuk menjadi sesepuh masjid.
Masjid ini didirikan pada tahun 1996 bersamaan dengan didirikannya Universitas Muhammadiyah Yogyakarta atas inisiatif waqaf dari keluarga Almarhum Suratijo dengan lahan tanah seluas 400 meter persegi. Seiring berjalannya dinamika di masyarakat, membuat masjid ini membutuhkan fasilitas yang lebih baik dalam mendukung pelaksanaan ibadah.
Haedar Nashir dan Siti Noorjannah Djohantini mulai merencanakan pembangunan dengan mendapat fasilitas dari UMY yang ikut membantu membebaskan lahan seluas 960 meter persegi di sebelah masjid yang lama untuk dijadikan lahan persyarikatan.