Pemanfatan bioteknologi untuk pengembangan genetik BAL, telah dimulai dengan menggunakan berbagai teknik sederhana seperti mutasi genetik sampai dengan penggunaan teknologi rekayasa genetik dan rekayasa metabolik dalam rangka penciptaan strain baru yang unggul. Plasmid DNA (DNA sirkuler di luar kromosom) telah menjadi bagian yang sangat penting karena berbagai karakter genetik BAL yang vital dalam proses fermentasi susu ada di plasmid.
Pengembangan strain BAL untuk fermentasi susu, awalnya diarahkan pada kemampuan memproduksi komponen penentu kualitas fisikokimia dan organoleptik. Namun saat ini, BAL diarahkan untuk menghasilkan berbagai komponen penting bagi industri seperti bahan pemanis dan flavor, antioksidan dan vitamin