Perubahan besar terjadi setelah lahirnya Republik Indonesia pada tanggal 17 Agustus 1945. Sri Sultan HB IX segera mengucapkan selamat atas berdirinya republik baru tersebut kepada para proklamator kemerdekaan saat itu.
Dukungan kepada RI semakin penuh ketika Sri Sultan HB IX Dan Sri Paduka Paku Alam VIII mengeluarkan amanat pada tanggal 5 September 1945 yang menyatakan bahwa wilayahnya yang bersifat kerajaan adalah bagian dari NKRI.