Berdasarkan cerita kakek buyutnya, kata Sumardiyono masjid tersebut didirikan oleh Sunan Kalijaga di tepi sungai dan kini sungainya telah hilang. Pada suatu ketika seluruh Kalurahan Girikarto terbakar. Meski jarak antar rumah kala itu masih berjauhan.
Anehnya yang tidak terbakar hanyalah masjid dan sebuah kentongan besar yang terbuat dari kayu. Kentongan tersebut digunakan oleh salah seorang warga untuk bersembunyi dari kobaran api. Dan orang tersebut selamat dari amukan si jago merah.
"Saat kebakaran itu kubahnya secara ghaib berpindah ke masjid di Kalurahan Girisekar sana," katanya.