Mbah Mudzakir memiliki banyak rumah di kawasan Kecamatan Satung, yaitu di Desa Loireng, Desa Kalisari, dan di Desa Bedono. Keempat istrinya pun bermukiman di rumah tersebut. Sejak tahun 1930-an, atas perintah gurunya Mbah Mudzakir pun bermukim di pesisir pantai utara Dukuh Tambaksari, Desa Bedono.
Di pesisir pantai ini, Mbah Mudzakir melakukan tradisi unik, yakni selalu memasang caping (topi dari anyaman bambu) di atas tonggak kayu. Hal itu sebagai siasatnya mengelabuhi pasukan Belanda.
Beberapa peningalan Mbah Mudzakir telah banyak yang hilang karena bencana abrasi. Di antaranya kitab-kitab karangan Mbah Mudzakir, yang turut hanyut di telan laut. Pihak keluarga hanya memiliki ornamen kayu sebagai tutup pilar musala buatan Mbah Mudzakir, dan lesung kayu.