Pada 30 Desember 1978, Prabowo melapor kepada Mayor Yunus Yosfiah, jika anggotanya memergoki pergerakan pasukan dalam jumlah besar. Setelah dilakukan pengejaran, kontak tembak antara pasukan Prabowo dengan anak buah Nicolao Lobato tak terhindarkan.
Sejumlah pengawal Nicolao Lobato tewas. Bersama anggotanya yang tersisa Nicolao Lobato berusaha melarikan diri, namun upaya tersebut gagal setelah pasukannya dicegat oleh Batalyon 744 Somodok keesokan harinya.
"Pelarian Nicolao Lobato berakhir setelah ditembak oleh Jacobus Maradebo, prajurit TNI asal Timor Timur," tulis Letjen TNI (Purn) Kiki Syahnarki dalam bukunya "Timor-Timur The Untold Story".