Akses masuk jalur fungsional Jalan Tol Jogja-Solo dari jalan nasional dapat diakses melalui akses GT Banyudono dan dari GT Colomadu. Pada periode arus mudik, apabila pemudik datang dari Jalan Tol Trans Jawa dapat langsung melanjutkan perjalanan melalui GT Colomadu menuju ke akses keluar GT Karanganom, akses keluar GT Banyudono atau exit Ngawen (Klaten).
Sedangkan untuk pemudik dari jalan arteri (non tol) yang akan masuk dari Solo dan Boyolali, pengendara bisa masuk melalui akses GT Banyudono. Sementara itu sebaliknya saat periode arus balik, pengendara dapat masuk ke jalur fungsional dari akses Ngawen (Klaten) dan GT Karanganom menuju GT Banyundono atau GT Colomadu.
PT Jasamarga Jogja Solo menyiapkan petugas untuk mengawal operasional jalur fungsional Jalan Tol Jogja-Solo agar berjalan lancar yaitu dengan menyediakan Posko Lebaran 2024 di GT Banyudono, Pos Pantau di KM 13+000 DAN KM 19+000 serta Posko Kepolisian dan Dishub di Akses Colomadu, Akses Banyudono, Akses Karanganom serta Akses Ngawen (Klaten).