Buya Syafii dirawat di RS PKU Muhammadiyah Gamping selama 14 hari. Setidaknya sudah dia kali Buya Syafii masuk dan menjalani perawatan di rumah sakit.
Seluruh upaya telah dilakukan dengan mengerahkan semua dokter yang ada di rumah sakit. Bahkan juga Dokter kepresidenan untuk mengupayakan kesembuhan cendekiawan muslim tersebut.
"Mereka telah berupaya untuk mengupayakan kesembuhan sesuai dengan kemampuan medis. Secara maksimal, tetapi Allah berkata lain,” katanya.