Selain itu, beberapa pohon yang ditanam di dalam Keraton yang usianya sudah tua ternyata kondisinya sekarang mulai langka, seperti misalnya Pohon Sawo Kecik, pohon Jambu Dresana dan beberapa jenis tanaman khas Keraton lainnya. Karena itu GKR Hayu mengatakan pohon-pohon tersebut penting untuk mulai dibudidayakan.
Hal sama disampaikan oleh GKR Bendara, selain melakukan pelestarian tanaman-tanaman khas sumbu filosofi, Keraton Yogyakarta juga akan melakukan peremajaan tanah di kawasan Keraton.
"Karena Keraton itu tanahnya juga sudah perlu peremajaan kembali, dan juga permukaan atasnya juga pasir dan bebatuan sehingga cukup panas. Ini sedang akan kita kondisikan lagi," kata GKR Bendara.
Keraton menurutnya tidak hanya akan merestorasi bangunan-bangunan cagar budaya yang ada di sepanjang sumbu filosofi saja, tapi juga akan akan melakukan restorasi vegetasi yang ada.