Namun, pada 27 Agustus 1661 atau saat musim hujan 1661–1662, banjir bandang melanda. "Lumbung Besar" dihantam banjir, menyebabkan kekurangan beras, sementara "Bendungan Besar" hancur tersapu arus.
Pembangunan Istana Mataram Amangkurat I kembali dilanjutkan pada 1663 setelah kerusakan akibat banjir diperbaiki. Pekerjaan bendungan selesai dengan baik pada 1666, meninggalkan warisan arsitektur megah yang menjadi simbol kejayaan Mataram.
Meski kini hanya tersisa catatan sejarah, istana ini menjadi bukti betapa besar ambisi Sultan Amangkurat I dalam membangun pusat pemerintahan yang tak hanya indah, tapi juga kuat secara pertahanan.