Di Jawa Barat, berdiri kerajaan bercorak Islam pada abad 15 dan 16, yaitu Kesultanan Cirebon. Berada di pantai utara Jawa, Cirebon menjadi jembatan antara kebudayaan Sunda dan Jawa karena letaknya di perbatasan antara Jawa Barat dan Jawa Tengah. Hal ini turut mempengaruhi kebudayaan Cirebon, yang tidak didominasi baik oleh kebudayaan Sunda maupun Jawa.
Pendiri Kesultanan Cirebon adalah Pangeran Cakrabuana, yang mendapat sebutan Haji Abdullah Iman. Selain sebagai raja Cirebon pertama, ia juga aktif menyebarkan agama Islam.
Setelah Haji Abdullah Iman mangkat, keponakannya yang bernama Syarif Hidayatullah naik menjadi Sultan Cirebon pada 1479. Tokoh yang dikenal dengan Sunan Gunung Jati ini merupakan pemimpin yang membawa Kesultanan Cirebon pada masa kejayaan.
Kesultanan Cirebon kemudian terbagi menjadi tiga, pada 1677, yang ditandai dengan keberadaan Keraton Kasepuhan, Keraton Kanoman, dan Keraton Kacirebonan. Saat ini, Pangeran Heru Rusyamsi Arianatereja atau Pangeran Kuda Putih merupakan Sultan Sepuh Keraton Kasepuhan Cirebon. Pengukuhannya sebagai sultan dilakukan pada 6 Februari 2022 di Kamukten Pangeran Arya Kamuning, Kabupaten Kuningan, Jawa Barat.
Kesultanan Yogyakarta (atau Kasultanan Ngayogyakarta Hadiningrat), bersama dengan Kasunanan Surakarta Hadiningrat, merupakan pecahan dari Kesultanan Mataram Islam. Ini terjadi karena adanya campur tangan Belanda yang membagi dua Kesultanan Mataram melalui Perjanjian Giyanti pada 1755. Setelah itu, Pangeran Mangkubumi menjadi sultan di Kesultanan Yogyakarta dan bergelar Sri Sultan Hamengku Buwono I. Dia pun mendirikan keraton sebagai pusat pemerintahan.
Dalam perjalanannya, kesultanan ini menghadapi berbagai pengaruh, baik dari pemerintahan kolonial Belanda maupun Inggris. Ketika kemerdekaan Indonesia diproklamasikan pada 17 Agustus 1945, Sultan Hamengku Buwono IX yang saat itu memerintah Kesultanan Yogyakarta segera memberikan ucapan selamat kepada para proklamator.
Ini disusul dengan pernyataan dari Sultan, pada 5 September 1945, bahwa wilayah Kesultanan Yogyakarta merupakan bagian dari Republik Indonesia. Saat ini, Kesultanan Yogyakarta dipimpin oleh Sultan Hamengku Buwono X yang bertakhta sejak 1989, sekaligus juga merupakan Gubernur Daerah Istimewa Yogyakarta.