Daryono mengatakan, kondisi permukaan tanah Yogyakarta ternyata memengaruhi dampak kerusakan akibat gempa tersebut. Apalagi di wilayah Yogyakarta berada dalam cekungan yang dibatasi oleh Pegunungan Kulonprogo di sisi barat dan Pegunungan Selatan di sisi timur yang disebut sebagai Cekungan Yogyakarta.
"Gempa Yogyakarta 27 Mei 2006 Mw6,4 menyimpan tanda tanya terkait lokasi episenter dan sebaran kerusakan yang membentuk jalur mengingat lokasi episenter tidak terletak di zona kerusakan. Ini bukti tanah lunak merupakan salah satu penyebab tingginya tingkat kerusakan (local site effect)," katanya.