Kronologi kejadian bermula saat ada napi dari tahanan berteriak-teriak dan menyerang petugas pada pukul 12.00 WIB. Napi lain terprovokasi dan selanjutnya bergerak ke depan gedung perkantoran melakukan pemberontakan dan pembakaran.
Pemicu diduga berawal dari rasa tak terima sejumlah napi atas upaya pemberantasan narkoba yang dilakukan petugas Rutan Kabanjahe. Sebelumnya, petugas menggeledah kamar tahanan dan menemukan sabu seberat 30 gram milik empat napi pada Rabu (8/1/2020).
Hasil pengembangan, sabu tersebut diperoleh napi dari pegawai atas nama Tio Sukmahadi dan Muhammad Angga Primana yang merupakan oknum ASN. Selanjutnya keempat napi dan dua pegawai ditetapkan tersangka. Mereka ditahan di Polres Tanah Karo.
Pascakejadian, Kepala Rutan Kabanjahe hampir setiap hari menggeledah kamar tahanan hingga akhirnya empat napi dan dua pegawai yang ditetapkan tersangka dikembalikan ke Rutan Kelas IIB Kabanjahe pada Selasa (11/2/2020).
Keempat napi ini kemudian memprovokasi tahanan lain untuk menentang penggeledahan secara terus-menerus. Puncaknya pada Rabu (12/2/2020), mereka memberontak hingga napi lain ikut terprovokasi dan membakar rutan.