Sebelum terbentuk menjadi danau, awalnya Danau Toba merupakan gunung berapi. Diperkirakan Gunung Toba meletus pada 69.000-79.000 tahun lalu. Akibat dahsyatnya letusan Gunung Toba, kini gunung tersebut disebut tersembunyi di bawah Danau Toba yang biasa dikenal sebagai Kaldera Toba.
Gunung Toba meletus dahsyat sebanyak tiga kali. Letusan pertama membuat Gunung Toba menghasilkan danau di sisi selatan, kemudian disusul dengan letusan dahsyat kedua yang menghasilkan danau sisi utara.
Barulah terjadi letusan dahsyat ketiga, yang meluluhlantakkan seluruh Gunung Toba berubah menjadi danau.
Di balik keelokannya, terdapat cerita rakyat cukup populer di kalangan masyarakat sekitar Danau Toba. Alkisah dulu ada pria bernama Toba yang sedang menangkap ikan di sungai. Ikan tersebut berubah menjadi perempuan cantik kemudian dinikahi oleh Toba.
Sang perempuan tersebut memberikan syarat kepada Toba sebelum menikahinya untuk tidak menceritakan kepada siapapun mengenai asal-usulnya.