Sungai Mahakam merupakan sungai terbesar di Kalimantan Timur, sehingga sering dimanfaatkan untuk transportasi kapal.
Sungai terpanjang di Indonesia selanjutnya adalah Sungai Barito. Sungai ini memiliki panjang 909 kilometer dan melintasi dua provinsi, yakni Kalimantan Tengah dan Kalimantan Selatan.
Sama seperti Sungai Kapuas, hulu Sungai Barito juga berasal dari Pegunungan Muller. Sedangkan alirannya berakhir di Laut Jawa.
Sungai ini merupakan jalur distribusi utama kapal tongkang batu bara serta muatan hasil hutan kayu maupun hasil hutan non kayu.
Sungai Batanghari berada di Kabupaten Solok, Sumatera Barat dan mengalir hingga Jambi.
Sungai yang memiliki panjang 800 kilometer ini mengalir dari Gunung Rasan hingga Laut China Selatan. Hal ini menjadikan Sungai Batanghari sebagai sungai terpanjang di Pulau Sumatera.