Toni berpengalaman dalam bidang reserse. Sejumlah jabatannya terkait bidang ini di antaranya Karobinopsnal Bareskrim Polri pada 2016 dan Wadirtipidum Bareskrim Polri pada 2013 dan pada 2007 sebagai Wadir Reskrimsus Polda Metro Jaya.
Selain itu, ia juga pernah menjabat Kasat IV Dit Reskrimsus Polda Metro Jaya pada 2002 dan pada 2003 Kasat IV/Cyber Crime Dit Reskrimsus Polda Metro Jaya.
Sebelum menjabat Kapolda Sumbar, Toni Harmanto pernah menjabat Widyaiswara Utama Sespim Lemdiklat Polri. Dia juga menjabat Wakapolda Jawa Timur (Jatim).