Dalam insiden Monas pada Juni 2008, Munarman dengan Laskar Islam-nya menyerang massa Aliansi Kebangsaan Untuk Kebebasan Beragama dan Berkeyakinan (AKK-BB). Dalam tayangan televisi nasional, Munarman menyatakan akan bertanggung jawab sebagai panglima Laskar Islam.
Munarman ternyata menghilang dan menolak untuk menyerahkan diri. Dia pun menjadi buronan polisi. Ia juga dicekal untuk tidak boleh berpergian ke luar negeri. Ratusan polisi ditugaskan untuk mencari dan menangkap Munarman. Bahkan di Cirebon, 1.000 polisi dikerahkan tetapi Munarman tetap saja tidak ketemu.
Dalam pelariannya Munarman mengirimkan sebuah rekaman video soal keberadaanya. Dia mengajukan syarat untuk menyerahkan diri, salah satunya meminta diterbitkannya Surat Keputusan Bersama (SKB) oleh Pemerintah Indonesia tentang pembubaran Ahmadiyah di seluruh wilayah Indonesia.
Senin 9 Juni 2008 pukul 19.50 WIB, Munarman tiba-tiba muncul menyerahkan diri di Mapolda Metro Jaya tanpa pengawalan, beberapa jam setelah SKB soal Ahmadiyah diteken Mendagri, Menteri Agama, dan Jaksa Agung. Datang menumpang taksi bersama salah seorang pengacaranya, Munarman mengatakan dirinya bukanlah seorang pengecut.