Sebagai bagian dari armada pemukul KRI Nanggala dipersenjatai 14 buah torpedo 21 inci/533 mm dalam 8 tabung. Kapal selam ini juga mempunyai sonar dari jenis CSU-3-2 suite.
KRI Nanggala pernah terlibat dalam latihan gabungan TNI AL-US Navy, CARAT-8/02 yang diadakan pada 27 Mei - 3 Juni 2002. CARAT (Coorperation Afloat Readiness and Training) adalah bantuan latihan militer Amerika terhadap militer negara sahabat di Asia Tenggara. Latihan CARAT ini berlangsung di perairan Laut Jawa, Selat Bali dan Situbondo.
Pada 2004, dalam Latihan Operasi Laut Gabungan (Latopslagab) XV/04 di Samudera Hindia, tanggal 8 April hingga 2 Mei 2004, KRI Naggala berhasil menenggelamkan eks KRI Rakata, sebuah kapal tunda samudera buatan 1942 dengan torpedo SUT.
TNI Angkatan Laut (AS) kini tengah menyelidiki penyebab hilangnya kapal tersebut.
Panglima TNI Marsekal TNI, Hadi Tjahjanto, membenarkan kabar mengenai hilang kontaknya kapal selam KRI Nanggala tersebut.
Menurutnya, TNI AL sedang melakukan penyelidikan atas hilangnya KRI Nanggala 402 dengan mengerahkan sejumlah kapak di lokasi tempat hilangnya kapal selam tersebut. “Kapal baru saja izin menyelam, setelah diberi clearance, langsung hilang kontak,” kata dia, Rabu (21/4/2021).