Lembar dakwaan juga termasuk bagaimana Nazir menggunakan julukan seperti Bashir Lap, Lillie, sementara Farik juga dikenal sebagai Yazid Zubair, dengan keduanya dikatakan terkait dengan al-Qaeda dan organisasi militan Asia Tenggara, Jemaah Islamiyah (JI).
Militan JI disalahkan karena secara langsung merencanakan bom Bali, di mana mayoritas korban adalah orang asing dari Australia dan Inggris selain penduduk lokal Indonesia.
Lembaran dakwaan menyatakan Hambali adalah seorang "jenderal" JI yang mengkoordinir penyerangan di wilayah ASEAN, khususnya di Indonesia, Filipina dan Malaysia. Dia secara aktif merekrut anggota baru di wilayah tersebut termasuk Nazir dan Farik.