Danau terdalam di Indonesia berikutnya Danau Towuti di Towuti Luwu Timur, Sulawesi Selatan. Luas danau ini sekitar 561 km persegi dan memiliki kedalaman mencapai 203 meter.
Danau ini terbentuk karena pergeseran lempeng tektonik, pergeseran lempeng ini juga membentuk danau terbesar kedua di Indonesia. Danau Towuti digunakan wisata dan tempat konservasi Balai Konservasi Sumber Daya Alam (BKSDA) Sulawesi Selatan.
Dalam terdalam di Indonesia selanjutnya juga dari Sumatera Barat (Sumbar) tepatnya Kabupaten Agam, yakni Danau Maninjau. Danau ini memiliki luas 99,5 km persegi dan kedalaman 165 meter.
Terbentuknya danau ini berasal dari letusan Gunung Sitinjau yang terjadi sekitar 52.000 tahun yang lalu. Letusan membentuk cekungan yang berubah menjadi danau.
Danau Sentani berada di Kota Jayapura sampai Kabupaten Jayapura. Luas danau ini mencapai 9.360 hektare dengan kedalaman 70 meter. Danau ini merupakan alternatif wisata yang ada di Papua selain Raja Ampat.