Pada masa perang kemerdekaan Indonesia, Bukittinggi pun sempat menjadi ibu kota negara. Hal itu terjadi pada periode Desember 1948 hingga Juni 1949.
Bukittinggi ditetapkan sebagai ibu kota Pemerintahan Darurat Republik Indonesia (PDRI) setelah Yogyakarta yang kala itu menjadi ibu kota negara Republik Indonesia jatuh ke tangan Belanda.
Sjafruddin Prawiranegara ditunjuk sebagai kepala pemerintahan PDRI, karena Soekarno-Hatta saat itu telah ditawan Belanda.
Pada 1950, pemerintahan Indonesia kembali diserahkan ke Soekarno-Hatta yang telah dibebaskan oleh Belanda. Ibu kota negara Indonesia akhirnya kembali ke Jakarta.
Pada masa setelah kemerdekaan, Bukittinggi dipimpin oleh wali kota pertama yakni Sutan Rajo Ameh. Berdasarkan Ketetapan Gubernur Provinsi Sumatera Nomor 391 Tahun 1947, Bukittinggi menjadi kota yang berhak mengatur dirinya sendiri.