Sementara dalam bidang reformasi internal, TNI sampai saat ini masih terus melaksanakan reformasi internalnya sesuai dengan tuntutan reformasi nasional. TNI tetap pada komitmennya menjaga agar reformasi internal dapat mencapai sasaran yang diinginkan dalam mewujudkan Indonesia baru yang lebih baik dimasa yang akan datang dalam bingkai tetap tegaknya Negara Kesatuan Republik Indonesia.
Sejak tahun 1998 secara internal TNI telah melakukan berbagai perubahan yang cukup signifikan, antara lain:
1. Merumuskan paradigma baru peran ABRI Abad XXI.
2. Merumuskan paradigma baru peran TNI yang lebih menjangkau ke masa depan, sebagai aktualisasi atas paradigma baru peran ABRI Abad XXI.
3. Pemisahan Polri dari ABRI yang telah menjadi keputusan Pimpinan ABRI mulai 1-4-1999 sebagai Transformasi Awal.
4. Penghapusan Kekaryaan ABRI melalui keputusan pensiun atau alih status. (Kep: 03/)/II/1999).
5. Penghapusan Wansospolpus dan Wansospolda/Wansospolda Tk-I.
6. Penyusutan jumlah anggota F.TNI/Polri di DPR RI dan DPRD I dan II dalam rangka penghapusan fungsi sosial politik.
7. TNI tidak lagi terlibat dalam Politik Praktis/day to day Politics.
8. Pemutusan hubungan organisatoris dengan Partai Golkar dan mengambil jarak yang sama dengan semua parpol yang ada.
9. Komitmen dan konsistensi netralitas TNI dalam Pemilu.
10. Penataan hubungan TNI dengan KBT (Keluarga Besar TNI).
11. Revisi Doktrin TNI disesuaikan dengan Reformasi dan Peran ABRI Abad XXI.
12. Perubahan Staf Sospol menjadi Staf Komsos.
13. Perubahan Kepala Staf Sosial Politik (Kassospol) menjadi Kepala Staf Teritorial (Kaster).
14. Penghapusan Sospoldam, Babinkardam, Sospolrem dan Sospoldim.
15. Likuidasi Staf Syawan ABRI, Staf Kamtibmas ABRI dan Babinkar ABRI.
16. Penerapan akuntabilitas public terhadap Yayasan-yayasan milik TNI/Badan Usaha Militer.
17. Likuidasi Organisasi Wakil Panglima TNI.
18. Penghapusan Bakorstanas dan Bakorstanasda.
19. Penegasan calon KDH dari TNI sudah harus pensiun sejak tahap penyaringan;
20. Penghapusan Posko Kewaspadaan;
21. Pencabutan materi Sospol ABRI dari kurikulum pendidikan TNI.
22. Likuidasi Organisasi Kaster TNI.
23. Likuidasi Staf Komunikasi Sosial (Skomsos) TNI sesuai SKEP Panglima TNI No.21/ VI/ 2005.
24. Berlakunya doktrinTNI Tri Dharma Eka Karma (Tridek) menggantikan Catur Dharma Eka Karma (Cadek) sesuai Keputusan Panglima TNI nomor Kep/2/I/2007 tanggal 12 Januari 2007.
Sebagai alat pertahanan negara, TNI berkomitmen untuk terus melanjutkan reformasi internal TNI seiring dengan tuntutan reformasi dan keputusan politik negara.