Berdasarkan data Lembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia (LIPI), luas Danau Limboto sampai tahun 2007 sebesar 2.537,152 hektare, dengan kedalaman sekitar 2,5 m sedangkan luas daerah tangkapan air sekitar 900 km2.
Sebelumnya, pada tahun 1932 rata-rata kedalaman Danau Limboto 30 meter dengan luas 7.000 hektare, dan tahun 1961 rata-rata kedalaman Danau berkurang menjadi 10 meter dan luas menjadi 4.250 hektare.
Pada tahun 2003, luasnya berkurang menjadi 3.054 hektare dengan kedalaman empat meter.