Selain itu, Jokowi juga memberikan sejumlah instruksi khusus kepada jajarannya.
Menko PMK diinstruksikan untuk melakukan koordinasi, sinkronisasi, dan pengendalian pelaksanaan Inpres serta melaporkan pelaksanaan Inpres kepada Presiden secara berkala setiap tiga bulan atau sewaktu-waktu apabila diperlukan.
Selanjutnya, Menkes diinstruksikan untuk mengalokasikan anggaran dalam rangka pelaksanaan Program Jampersal, menyusun dan menetapkan pedoman teknis pelayanan kesehatan bagi ibu hamil, bersalin, nifas, dan bayi baru lahir melalui Program Jampersal termasuk tata cara pembayaran klaim Program Jampersal.
Melakukan pendataan dan menetapkan sasaran ibu hamil, bersalin, nifas, dan bayi baru lahir dalam Program Jampersal berkoordinasi dengan pemerintah daerah, melakukan pemetaan dan penetapan fasilitas pelayanan kesehatan pemberi layanan program Jampersal.
Memberikan persetujuan atas hasil verifikasi klaim yang dilakukan oleh BPJS Kesehatan dan melakukan pembayaran klaim pelayanan Jampersal yang sudah terverifikasi kepada fasilitas pelayanan kesehatan sesuai alokasi yang ditetapkan dan dilaksanakan sesuai dengan ketentuan peraturan perundang-undangan; melakukan sinkronisasi, monitoring, dan evaluasi pelaksanaan Program Jampersal.
Berkoordinasi dengan Kemensos untuk mendaftarkan peserta Program Jampersal yang memenuhi kriteria fakir miskin dan orang tidak mampu menjadi peserta Penerima Bantuan Iuran (PBI) Jaminan Kesehatan, melakukan interkoneksi sistem informasi klaim Program Jampersal Kemenkes dengan sistem informasi BPJS Kesehatan; dan melaporkan pertanggungjawaban pemanfaatan dan realisasi anggaran Program Jampersal kepada Kemenko PMK.