Pada masa Indische Kerk, pelayanan administrasi Gereja di Minahasa dan Bitung berpusat di Manado. Kemudian sejak 30 September 1934, Gereja Protestan di Manado, Minahasa dan Bitung dinyatakan berdiri sendiri dengan sebutan Gereja Masehi Injili di Minahasa (GMIM). Kedudukan kantornya pun tidak lagi di Manado, tapi dipindahkan ke Kota Tomohon.
Di masa penjajahan Jepang tahun 1942-1945, gereja tersebut pernah dijadikan markas Manado Syuu Kiri Sutokyop Kyookai (MSKK) yang dipimpin oleh Pendeta Jepang, Hamasaki.
Saat itu, Perang Dunia II sedang berkecamuk. Gereja Sentrum menjadi serangan bom pasukan Belanda bersama sekutunya hingga rusak dan harus direnovasi.
Pada lokasi pengeboman juga dibangun Monumen Perang Dunia II oleh NICA, badan penghubung pemerintah kolonial Belanda dengan Komdanto Tertinggi Sekutu di Pasifik. Arsitek pembangunannya Van den Bosch dari Belanda.
Pada tahun 1952, Gereja Sentrum yang merupakan artefak budaya ini dibangun kembali dan ditahbiskan 10 Oktober 1952. Bangunannya bercorak khas Gereja Protestan di Belanda yang berbentuk persegi sebagai simbol empat penjuru mata angin.
Bangunan GMIM Sentrum Manado telah beberapa kali direnovasi dan mengalami perubahan. Posisi mimbar yang sebelumnya menghadap ke utara dipindahkan dari utara menghadap ke timur, namun keaslian dinding dan pilarnya tetap dipertahankan.
Itulah gereja tertua di Sulawesi Utara yakni GMIM Sentrum Manado yang berada di pusat kota dan masih menjadi tempat ibadah masyarakat setempat.