Ketika terjadi gempa di Kendari pada 2011, masjid ini mengalami guncangan akibat gempa berkekuatan 6.0 Skala Richter, yang menyebabkan salah satu kubah kecilnya menjadi miring.
Kunjungan Wapres Ma'ruf Amin untuk Salat Isya dan Salat Tarawih di Masjid Al-Kautsar Kendari ini memberikan kesempatan bagi masyarakat yang begitu antusias untuk beribadah bersama tokoh yang juga menjabat sebagai Ketua Dewan Pertimbangan Majelis Ulama Indonesia (MUI) ini. Selain itu, tausiah yang disampaikan Wapres dapat memberikan inspirasi dan pemahaman kepada jemaah dalam menjalani ibadah di bulan suci Ramadan.