Santoso ditengarai sebagai sosok di balik pembunuhan kejam sejumlah anggota Polri, TNI dan penduduk desa di Poso. Dia berpartisipasi dalam pelatihan militer ilegal pada 2001 di Maluku dan Jawa Tengah.
“Santoso terlibat dalam konflik antaragama di Poso dari 1998 hingga 2001,” kata Herdi Sahrasad dan Al Chaidar dalam jurnal Universitas Paramadina bertajuk ‘Terorisme, Akhir Sejarah Santoso dan Masa Depan Teror di Indonesia’ dikutip Sabtu (17/7/2021).
Herdi dan Chaidar dalam analisisnya menyebut Santoso pergi ke Gunung Biru, Tamanjeka, dan bertemu dengan Bado alias Urwah. Keduanya terlibat dalam pembunuhan dua perwira polisi di Tamanjeka pada November 2012.
Tubuh Briptu Andi Sapa dan Brigadir Sudirman ditemukan di sebuah lubang lumpur dengan kondisi mengerikan, kepala dipenggal. Operasi perburuan terhadap kelompok Santoso pun digelar.
Bertahun-tahun operasi itu berjalan. Puncaknya terjadi pada 18 Juli 2016. Pasukan kecil Yonif Raider 515 Kostrad atau juga dikenal sebagai Pasukan Macan Kumbang yang bergabung di Satgas Tinombala mendeteksi jaringan Santoso.
Saat melaksanakan patroli di pegunungan Desa Tambarana, mereka menemukan gubuk dan melihat beberapa orang tidak dikenal sedang mengambil sayur dan ubi untuk menutup jejak.