Kongres ini membicarakan tentang segala hal tentang masa lalu dan masa depan Papua, termasuk pentingnya menyelesaikan berbagai kasus pelanggaran HAM, serta pengabaian hak-hak dasar terutama dalam bidang ekonomi, sosial, dan budaya rakyat Papua.
Berikutnya, cara Gus Dur menyelesaikan konflik di Papua yakni dengan memperbolehkan berkibarnya bendera Bintang Kejora di tanah Papua.
Bendera Bintang Kejora selama ini dianggap sebagai lambang separatis. Namun oleh Gus Dur bendera ini dinilai sebagai lambang kultural sehingga diperbolehkan untuk berkibar dengan syarat dikibarkan di bawah bendera Merah-Putih. Makna sejati dari Bintang Kejora sebenarnya adalah “kuasa Tuhan”.
Gus Dur juga memutuskan untuk mengganti nama Irian Jaya menjadi Papua. Alasan Gus Dur, nama Irian memiliki makna yang jelek. Sebab dalam bahasa Arab kata Irian berarti telanjang (Urryan).
Gus Dur juga beralasan bahwa dalam kebudayaan Jawa penggantian nama seorang anak dilakukan jika sang anak sakit-sakitan. “Biasanya sih namanya Slamet. Tapi saya sekarang ganti Irian Jaya menjadi Papua,” kata Gus Dur saat itu.