Sebagai pasukan elite dan khusus, tidak semua prajurit TNI AL bisa masuk ke detasemen ini. Prajuritnya dipilih dari Komando Pasukan Katak (Kopaska) dan Batalion Intai Amfibi (Taifib) Korps Marinir TNI AL. Ranah operasionalnya tidak selalu di laut. Dalam beberapa kesempatan, personel Denjaka bisa juga ditugaskan di darat maupun udara.
Calon anggota Denjaka juga dituntut memiliki IQ tinggi agar dapat menyerap materi yang diajarkan dengan cepat dan segera mengaplikasikan di lapangan.
Masa pelatihan Denjaka berlangsung selama enam bulan dengan rincian pemberian materi sebanyak 20 persen. Selebihnya, calon anggota dituntut mengaplikasikan materi tersebut lewat praktik lapangan. Pelatihan dilakukan di Bumi Marinir Cilandak, Jakarta Selatan, dengan nama Penanggulangan Teror Bidang Laut (PTAL).
Selama pelatihan, anggota Denjaka mempelajari cara menyusup dengan terjun payung, bergerak lincah di laut dengan daya tahan tinggi, hingga bertahan hidup di darat.
Rangkaian pelatihan ini merupakan level berat. Tak heran jika setiap tahunnya hanya sekitar 50 personel yang lolos dari ujian.