Dirangkum dari berbagai sumber, KKB berasal dari Tentara Pembebasan Nasional Papua Barat (TPNPB) sayap militer dari OPM sehingga kerap disebut TPNPB-OPM yang dibentuk pada 26 Maret 1973. Sejak 2012, TPNPB-OPM dipimpin Goliath Tabuni yang diangkat menjadi Panglima Tinggi Tentara Pembebasan Nasional Papua Barat.
Semula ada tiga kekuatan KKB di Papua, yakni kelompok Goliath Tabuni di wilayah Puncak Jaya, kelompok Puron Wenda yang beroperasi di wilayah Lanny Jaya dan kelompok Richard Hans di Papua New Guinea.
Kemudian muncul kelompok lain yakni Kelly Kwalik di Mimika serta Egianus Kogoya di Puncak Jaya dan kini bermarkas di Nduga. Kelompok Egianus ini muncul setelah Kelly Kwalik tewas dalam serangan polisi.
Tak hanya melalui kekerasan bersenjata, OPM juga menempuh upaya jalur diplomatik, melakukan upacara pengibaran bendera Bintang Kejora dan aksi terorisme sebagai bagian dari konflik Papua yang meminta referendum.
OPM didirikan Desember 1963. Organisasi ini awalnya merupakan gerakan spiritual kargoisme, kelompok kebatinan yang menggabungkan kepercayaan adat dan Kristiani yang dibentuk kepala Distrik Demta Aser Demotekay. Pihak Aser kooperatif dengan pemerintah Indonesia dan melarang kekerasan. Namun pengikut Aser, Jacob Prai melanjutkan gerakan tersebut dengan kekerasan.
Kelompok kedua berasal dari Manokwari pada tahun 1964, tokohnya Terianus Aronggear. Dia mendirikan 'Organisasi Perjuangan Menuju Kemerdekaan Negara Papua Barat'. Organisasi ini juga bergerak secara klandestin. Belakangan, organisasi Terianus dikenal sebagai Organisasi Papua Merdeka (OPM).
Kelompok ini mengirim dokumen ke PBB meminta peninjauan kembali persetujuan New York yang juga berisi rancangan susunan kabinet Papua Barat. Susunannya antara lain Markus Kaisiepo sebagai Presiden, Nicolaas Jouwe sebagai Wakil Presiden, Terianus Aronggear sebagai Menteri Luar Negeri dan Permenas Ferry Awom sebagai Panglima Perang. Nama-nama inilah yang pertama kali mendirikan OPM hingga berkembang saat ini menjadi KKB.