Mereka meneruskan perlawanan terhadap Jepang selama tiga bulan. Pada Maret 1942, Presiden Franklin Roosevelt memerintahkan Mac Arthur dan keluarganya menuju ke Melbourne. Saat itu dia memiliki tugas khusus.
Mac Arthur yang harus melindungi Australia, dia memutuskan perjalanan melalui jalur laut. Ketika itu Jepang berusaha mengurung Port Moresby (Pelabuhan Jayapura) lewat pantai selatan Irian (sekarang Papua).
Setelah Jepang gagal mencapai sasarannya lewat laut, mereka dihentikan di darat pada September 1942 oleh pasukan Australia di bawah perintah Mac Arthur.
Sekutu kemudian mengambil alih pertahanan dan memulai suatu operasi militer yang panjang dan sulit untuk mengusir Jepang dari Irian.