Sementara itu, mereka mengungsi ke timur dan belum sempat mencapai Papua, terkejar east drift ras Austronesia (Melayu) dan dicampur kawini. Keturunan mereka yang berdarah campuran Melanesia-Austronesia(Melayu) inilah yang menghuni pulau-pulau di Nusa Tenggara Timur, Timor Leste dan Maluku.
Kemudian, bangsa Melanesoid bergeser ke sebelah Timur Indonesia setelah kedatangan bangsa Melayu Tua. Bahkan, di beberapa tempat ada yang mengalami percampuran dengan ras Melayu Tua.
Catatan lain, sebagian besar ras Melanesia terdapat di Indonesia atau sekitar 80 persen dari jumlah penduduk. Data ini diungkap Profesor Harry Truman Simanjuntak, Arkeolog senior dari Pusat Penelitian Arkeologi Nasional yang menulis buku 'Diaspora Melanesia di Nusantara'.
Disebutkan pusat ras Melanesia terbagi atas tiga wilayah yang berkembang di Nusantara, Melanesia Barat dan Australia.
Melanesia Barat, khususnya di wilayah pulau besar, tersebar di Papua dan Papua Nugini. Kemudian menyebar hingga Maluku, Maluku Utara dan wilayah di sekitarnya.
Hingga akhirnya, pada masa kemerdekaan, kedua ras yang mendiami Nusantara ini bersatu dalam NKRI dan menciptakan pertautan biologis dan kultural sampai saat ini. Melanesia di Nusantara ini dapat ditelusuri melalui temuan-temuan yang memperlihatkan adanya kesamaan dan masih bertahan hingga saat ini.