Pesawat ini memiliki kapasitas terbatas dan tidak beroperasi setiap hari, sehingga pemesanan tiket perlu dilakukan jauh-jauh hari.
Bagi wisatawan dari wilayah timur atau tengah Indonesia, Makassar dan Surabaya bisa menjadi titik awal perjalanan.
Makassar – Ambon – Banda Neira
Dari Bandara Sultan Hasanuddin, Makassar, tersedia penerbangan langsung menuju Ambon dengan durasi sekitar 2 jam. Setelah itu, perjalanan dilanjutkan ke Banda Neira melalui kapal laut atau pesawat perintis.
Surabaya – Ambon – Banda Neira
Dari Bandara Juanda Surabaya, tersedia penerbangan menuju Ambon dengan lama perjalanan sekitar 3 jam. Selanjutnya, akses ke Banda Neira sama dengan rute dari Jakarta.
Selain kapal Pelni, tersedia juga kapal cepat (fast boat) yang melayani perjalanan Ambon–Banda Neira. Kapal cepat biasanya memakan waktu sekitar 6 hingga 7 jam, lebih singkat dibanding kapal Pelni. Namun, operasional kapal cepat sangat bergantung pada kondisi cuaca dan gelombang laut, sehingga jadwalnya bisa berubah sewaktu-waktu.