Kesultanan yang Ada di Kalimantan Timur selanjutnya ada Kesultanan Bulungan atau Bulongan. Kesultanan ini pernah menguasai wilayah pesisir Kabupaten Bulungan, Kabupaten Malinau, Kabupaten Nunukan, dan Kota Tarakan sekarang. Kesultanan ini berdiri pada tahun 1731, dengan raja pertama bernama Wira Amir gelar Amiril Mukminin (1731–1777), dan Raja Kesultanan Bulungan yang terakhir atau ke-13 adalah Datuk Tiras gelar Sultan Maulana Muhammad Djalalluddin (1931-1958).
Kesultanan ini didirikan oleh sekelompok Kayan Di dalam Uma 'Apan, dari daerah Apo Kayan, yang menetap di dekat pantai pada abad ke-7. Pada tahun 1650, seorang putri telah menikah dengan seorang pria dari Brunei.
Pernikahan ini mendirikan sebuah tradisi Hindu yang didirikan di daerah Tanjung Selor. Pada tahun 1750, dinasti ini masuk Islam. Penguasa mengambil gelar Sultan dan mengakui pengikut sultan Berau, kedua mengakui dirinya pengikut Kerajaan Kutai.
Pada tahun 1850, orang Belanda, yang menaklukkan Berau pada tahun 1834 dan dikenakan kedaulatan mereka untuk Kutai pada tahun 1848, yang ditandatangani dengan Sultan Bulungan Kontrak Politik. Bersemangat untuk memerangi pembajakan dan perdagangan budak, bersedia untuk melawan pembajakan dan perdagangan budak, mereka mulai untuk campur tangan di wilayah ini.
Sampai tahun 1860, Bulungan berada di bawah Kesultanan Sulu. Selama periode ini, kapal Sulu pergi ke Tarakan dan kemudian di Bulungan untuk perdagangan langsung dengan Tidung. Pengaruh ini berakhir pada 1878 dengan penandatanganan perjanjian antara Inggris dan Spanyol yang dirancang untuk Sulu.
Pada 1881, Perusahaan Kalimantan Utara Chartered dibentuk, yang merupakan Borneo utara di bawah yurisdiksi Inggris, tetapi Belanda mulai menolak. Kesultanan itu akhirnya dimasukkan dalam kerajaan Hindia Belanda pada tahun 1880-an kolonial.