Sedangkan versi terakhir asal-usul Balikpapan disebut berasal dari penamaan salah satu desa yang berdiri di hulu sungai Teluk Balikpapan. Desa tersebut bernama Bilipapan.
Itulah kisah mengenai asal-usul Balikpapan. Ditilik dari susunannya, Balikpapan berasal dari rumpun kata Bahasa Melayu.