Alternatif kedua dari 3 jalur alternatif Bontang Samarinda adalah jalur pedalaman yang melalui Samboja dan Loa Janan. Rute ini cocok bagi mereka yang ingin merasakan perjalanan santai dan menikmati suasana pedesaan Kalimantan Timur.
Jalur ini menawarkan pengalaman berbeda karena pengendara dapat melihat pemandangan sawah, hutan, dan sungai kecil yang khas. Meski jalan cenderung sempit dan berliku, lalu lintas lebih sepi dibandingkan jalan utama.
Kelebihan jalur ini adalah kesempatan untuk singgah di beberapa tempat wisata lokal, seperti obyek wisata alam di Samboja atau kafe kecil di sepanjang jalan. Namun, pengendara perlu ekstra berhati-hati, terutama saat hujan, karena kondisi jalan bisa licin. Waktu tempuh sedikit lebih lama, berkisar antara 3–4 jam, tapi pengalaman scenic drive membuatnya sepadan.
Pilihan terakhir dari 3 jalur alternatif Bontang Samarinda adalah menggunakan jalur sungai untuk sebagian perjalanan. Meskipun tidak semua orang familiar, rute ini menjadi pengalaman unik karena memadukan perjalanan darat dan air.
Perjalanan dimulai dari Bontang menuju pelabuhan kecil di tepi sungai, kemudian menyeberang menggunakan perahu tradisional atau speedboat ke wilayah tertentu sebelum melanjutkan perjalanan darat menuju Samarinda. Jalur ini sangat cocok bagi traveler yang mencari pengalaman berbeda dan ingin menikmati panorama sungai Mahakam atau anak-anak sungai di sekitarnya.