Perlud diketahui, FPI dideklarasikan pada 17 Agustus 1998 di halaman Pondok Pesantren Al Um, Kampung Utan, Ciputat, oleh sejumlah habib, ulama dan aktivis muslim. Dalam perkembangannya, FPI menunjuk Habib Rizieq Shihab sebagai imam besar. Adapun ketua umum saat ini dijabat Shobri Lubis.
FPI terus menjadi kontroversi. Belum lama ini Menteri Agama Yaqut Cholil Qoumas menyatakan, secara normatif FPI tidak ada karena tak memperpanjang Surat Keterangan Terdaftar di Kemendagri.