Setelah melakukan identifikasi, kemudian dilakukan seleksi untuk memilih paus yang paling dominan untuk dijadikan sebagai bahan otopsi. Tidak semua paus dapat diidentifikasi karena disebabkan oleh arus laut yang cukup kencang dan ketinggian air.
Dari 49 paus yang mati, 34 paus dapat diidentifikasi oleh tim FKM. Sementara tiga dari paus yang dapat teridentifikasi tersebut kemudian dilakukan pemeriksaan otopsi . "Tiga paus yang diotopsi, dua di antaranya jantan dan satu lainnya adalah betina," katanya.
Pemilihan paus untuk dilakukan otopsi, dilakukan dengan pertimbangan berbasis ukuran dan kondisi. Paus yang dipilih untuk diotopsi adalah yang paling besar dengan asumsi bahwa paus yang paling besar tersebut adalah ketua koloni dengan panjang 5,5 meter dan berjenis kelamin jantan.
Sementara paus betina yang dipilih adalah yang berukuran paling besar dengan panjang tiga setengah meter. Paus yang dipilih juga dipastikan dalam kondisi tidak busuk, masih baik untuk dilakukan otopsi. "Otopsi baru dapat dilakukan pada pukul 17.00 WIB dengan dibantu pengamanan dari Polsek, Koramil dan pengurus desa setempat," jelasnya.
Tidak hanya melakukan otopsi di tempat lokasi kejadian. Tim FKH juga mengambil beberapa sampel untuk untuk pemeriksaan patologi di laboratorium FKH. Pemeriksaan patologi tersebut dimaksudkan untuk mengetahui penyebab pasti terdamparnya 52 paus tersebut.
"Dugaan awal masih belum bisa kami pastikan karena ketika kita lihat tidak ada gangguan sonar pada paus , dugaan aktivitas vulkanik bawah laut juga tidak. Jadi perlu kami dalami melalui pemeriksaan patologi," jelasnya.
Tim juga pertimbangkan faktor alam karena sebelum kejadian tersebut sempat terjadi puting beliung di selat Madura. Namun dugaan tersebut sebagai penyebab peristiwa terdampar paus masih didiskusikan dengan menunggu hasil laboratorium.