Hotel Majapahit juga menjadi saksi dari peristiwa bersejarah yang terkenal, yaitu penyobekan bendera yang terjadi pada tanggal 19 September 1945. Pada hari itu, insiden penyobekan bendera berlangsung di menara di sudut barat laut Hotel Yamato, yang berada dalam jangkauan pandang dari Hotel Majapahit. Bendera yang dirobek adalah bendera Kerajaan Belanda yang memiliki warna merah, putih, dan biru.
Peristiwa penyobekan bendera ini dipicu oleh pihak Belanda yang mengibarkan Bendera Kerajaan Belanda (Merah Putih Biru) secara sepihak. Tindakan tersebut sangat mengejutkan dan meresahkan masyarakat Surabaya yang pada saat itu tengah berjuang untuk meraih kemerdekaan dari penjajahan Belanda. Akibat dari insiden tersebut, hanya warna merah dan putih yang tersisa pada bendera, yang kemudian diakui sebagai bendera Republik Indonesia.
Setelah peristiwa tersebut, nama Hotel Majapahit dirubah menjadi Hotel Merdeka sebagai simbol semangat kemerdekaan yang berkobar pada masa itu.